Tàu chỉ huy (Command ship) đóng vai trò là soái hạm của chỉ huy hạm đội. Chúng cung cấp thông tin liên lạc, không gian văn phòng và chỗ ở cho chỉ huy hạm đội và nhân viên của họ, đồng thời phục vụ cho việc điều phối các hoạt động của hạm đội.
Một tàu chỉ huy phụ trợ có các thành phần chỉ huy và kiểm soát phổ biến trên các tàu đổ bộ (chỉ huy) và cũng có khả năng đổ bộ binh lính và thiết bị. Lực lượng này sẽ ít hơn một chút so với lực lượng trên tàu đổ bộ thuần túy do bản chất của tàu là tàu chỉ huy và do đó cũng sẽ chứa chỉ huy tấn công, chỉ huy hạm đội hoặc người có địa vị tương tự (thường là cấp bậc OF-7 hoặc OF-8 của NATO – chẳng hạn như thiếu tướng hoặc Phó Đô đốc).
Hiện tại, Hải quân Hoa Kỳ vận hành hai tàu chỉ huy, USS Blue Ridge và USS Mount Whitney, cả hai đều thuộc lớp Blue Ridge được chế tạo có mục đích. Hai tàu chỉ huy, USS La Salle và USS Coronado được chuyển đổi từ tàu bến vận tải độ bộ (LPD); những con tàu này đã ngừng hoạt động vào tháng 3/2005 và tháng 12/2006 và bị đánh chìm làm mục tiêu hỗ trợ cho cuộc tập trận huấn luyện hạm đội vào ngày 11/4/2007 và như một phần của cuộc tập trận bắn đạn thật Valiant Shield 2012, tương ứng.
Liên Xô vận hành một số tàu chỉ huy chương trình không gian, Akademik Sergey Korolev, Kosmonavt Vladimir Komarov, Kosmonavt Yuri Gagarin và tàu liên lạc SSV-33 Ural của Liên Xô. Những con tàu này đã mở rộng đáng kể phạm vi theo dõi khi quỹ đạo của các phi hành gia và các sứ mệnh không có người lái không nằm trong phạm vi của các trạm theo dõi trên đất liền của Liên Xô. Các tàu tương tự của Hoa Kỳ được phân loại là Tàu thiết bị tầm bắn tên lửa (T-AGM)./.
